監督香港海事博物館營運的三個旗下單位包括：

香港海事博物館受託人、香港海事博物館信託基金會，以及香港海事博物館有限公司。

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在博物館總監的領導下，本館駐有約27位全職僱員、12兼職和合約僱員，以配合日常營運需要。