监督香港海事博物馆营运的三个旗下单位包括：

香港海事博物馆受託人、香港海事博物馆信託基金会，以及香港海事博物馆有限公司。

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在博物馆总监的领导下，本馆驻有约27位全职僱员、12兼职和合约僱员，以配合日常营运需要。